奥迪A3依然提供手动挡车型。
国产奥迪A3曾推出过两款手动挡车型，分别是A3 Sportback 35 TFSI手动进取型，售价18.49万元；以及A3 Limousine 35 TFSI手动进取型，售价19.09万元。这些手动挡车型搭载了一台1.4TFSI增压发动机，最大功率为110kW，最大扭矩为250Nm，匹配5速手动变速器。
在外观方面，手动挡车型与自动挡车型保持一致。两厢版和三厢版的区别主要在于车身结构。配置上，除变速器外，其余配置与当时在售的35 TFSI自动进取型相同。
手动挡汽车的启动方法简单。首先，进入车内，调整座椅并系好安全带。然后，踩下刹车和离合器到底，发动汽车，挂入一档，松开手刹，打开左转向灯，确认周围安全后，抬起刹车，慢慢抬起离合器，直到汽车开始前进，稳住离合器，踩下油门，再抬起离合器，启动即成功。需要注意的是，在斜坡上停车或起步时，要特别注意油门和刹车的配合，以防汽车打滑。另外，不要用空挡下滑，只有当汽车完全静止时，才能把挡位挂到前进挡。
手动挡车型具有诸多优点。首先，动力充沛，操控表现不错；其次，空间宽敞，后排地台平整，座椅角度可调，坐起来舒适，后备箱空间大，拉货方便且后排座椅支持按比例放倒，能与后备箱连成整体；再次，油耗低，老司机能开出较低的平均油耗；最后，车子质量稳定可靠，不易出故障。
然而，手动挡车型也存在一些缺点。内饰不够美观，与新一代车型相比差距较大；动力有时不太足，比如2.0车型不带T会让人觉得不够强劲；尾箱设计不太合理，有台阶感，空间利用不够完善；没有标配ESP系统；车子悬挂较硬，过烂路跳动大，比较颠屁股；噪音控制不太好，发动机噪音较大；冬天开暖风怠速不稳，经常忽高忽低；后门经常会发出唧唧扭扭的声音；手动离合器结合点模糊，油门延迟，需要较长时间适应；从后面看遮挡性稍差，底盘的细节能看到不少；排气管尾部造型差，不上档次；启动时发动机巨响；前段刹车偏软；维修保养工时费高。
需要注意的是，有些缺点可能因人而异，而且部分缺点也有其两面性。比如，虽然内饰不够好，但车子在其他方面可能有更突出的表现。因此，在选择手动挡车型时，可根据自身需求和偏好综合考虑。
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